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如何避免FFPE样本数据“翻车”？快来get这份“核酸提取”宝典

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福尔马林固定石蜡包埋

福尔马林固定石蜡包埋 (formalin fixation and paraffin embedding，FFPE）样本可在常温下较长时间保存、方便制备成检验所需的组织标本形式，可通过免疫组化进行疾病诊断及病理分型。

目前，FFPE样本已广泛应用在基因组、转录组、蛋白组、代谢组乃至微生物组等多组学的研究中，也有针对FFPE样本开展表观遗传学、单细胞转录组、空间转录组、蛋白修饰组学等方面的研究工作。伴随着技术的不断进步，我们所能想到的组学技术都逐渐在FFPE样本中得到应用。我们相信，在不久的未来，FFPE样本将会变成一种常规性的样本。

FFPE样本制备及提取流程

FFPE样本制备及核酸提取纯化流程图

FFPE技术的优势&劣势

优势

1.易于制备，长期储存：可以用于保存和处理大量的组织样本，使得这些样本可以长期保存，并且可以在需要时进行分析。

2.保存成本低廉：和冷冻组织相比，FFPE样本的保存成本低廉，并且更加方便。

3.环境依赖性低：可以在常温下运输和存储，而不需要冷冻或其他特殊条件。

4.支持多类型组织：可以被广泛应用于不同类型的组织样本，包括固体肿瘤、组织切片等，同时也可用于多种分子学检测类的分析研究。

劣势

1.分离难度大：福尔马林固定导致核酸之间、蛋白之间以及核酸和蛋白之间的交联。固定时间越长，交联程度越高，纯化难度越大。样本细胞形态和蛋白质结构可能会发生改变从而可能会影响病理诊断和分子生物学研究结果的准确性。

2.脱氨基诱变：福尔马林固定会使胞嘧啶脱氨基引入C>T、G>A等突变。

3.DNA交联：福尔马林固定诱发DNA加合物生成，导致氨基间生成亚甲基桥。

4.降解风险：样本固定的过程会对DNA和RNA造成破坏，且石蜡的高温渗入会加速核酸的降解，所以FFPE样本提取后的核酸质量往往较差，会影响后续的分子学实验分析以及结果准确性。

5.DNA损伤：可能出现脱嘌呤和脱嘧啶的位点。

6.不同FFPE样本之间存在差异(生物学重复性低)：FFPE技术无法控制不同样本的处理过程对样本的影响，这可能导致样本间差异性大，会影响结果的可靠性和数据分析的结果。

所以，针对FFPE样本中的核酸提取需要更加快速有效的方法。

核酸提取方法

在分子生物学和临床诊断中，核酸提取是一个重要的步骤，涉及到从样本中分离和纯化DNA、RNA。传统核酸提取方法和磁珠法是两种常用的技术，它们在操作效率、安全性、成本和环境影响方面有所不同。

获取产量高、质量优的FFPE样本DNA/RNA是肿瘤诊断与科学研究的首要前提。在生物行业各领域都追求高通量、自动化的今天，传统提取方法的局限愈来愈明显，而磁珠法提取的优势则愈来愈明显：能够实现自动化、大批量操作；操作简单、用时短；不使用传统方法中的苯、氯仿等有毒试剂，安全无毒；与核酸的特异性结合使得提取的核酸纯度高、浓度大。

为解决FFPE样本核酸提取难题，凡知医学推出的磁珠法FFPE样本提取试剂盒，兼具环保无毒、简单快速、高产高质等特点，高效助力肿瘤诊断与科学研究。