干货分享 | NGS建库全攻略,助力建库实验成功率up up!

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基因测序技术
 

NGS(下一代测序技术):又称高通量测序,以高输出量和高解析度为主要特色。与传统的Sanger测序技术相比,下一代测序技术具有更高的通量、更快的速度和更低的成本。能够一次性对数百万到数十亿个DNA片段进行测序,大大缩短了测序时间,提高了测序效率。

△主要步骤△

NGS技术因其高通量、低成本、高效率等特点目前已广泛地应用于遗传病检测、肿瘤早筛、伴随诊断、病原微生物检测等领域。在进行NGS建库时,选择合适的建库方法和试剂盒至关重要。以下是一些关键点和建议,帮助你建库实验的高效进行。
 
01
选择合适的建库方法
 
 
 
NGS建库是高通量测序技术的关键步骤,通过将DNA或RNA样本转化为适合测序仪读取的文库,为大规模、高通量的基因组测序和转录组测序提供了可能。常见的建库方法包括:

 

 
01
 
物理/酶切打断建库

通过物理或酶切打断基因组DNA,然后通过连接酶将接头连接到DNA片段上,最后通过PCR扩增。这种方法适用于全基因组检测。

02
 
转座酶建库

利用Tn5转座子将DNA片段化、末端修复、接头连接等多步反应转变为一步反应,大大缩短了建库时间。适用于珍贵的样本或低核酸含量的样本。

03
 
杂交捕获建库

针对目标区域设计特异探针,打断基因组DNA后与探针杂交,捕获目标区域。

04
 
PCR扩增子建库

利用PCR反应在待测DNA片段两端加上接头,适用于目标基因的捕获。

 

02
实验注意事项
 
 
 

在进行NGS建库实验时,需要注意以下几个关键点,以确保实验的成功和数据的可靠性:

 
 
01
样本质量与处理
 

样本质量:确保样本的质量和纯度。RNA样本应无降解,DNA样本应无明显污染。

样本处理:在处理样本时,避免RNase或DNase污染,确保样本的稳定性和完整性。

 
 
02
打断及末端修复
 

片段大小:根据测序平台的要求,将DNA或RNA打断为适合的片段大小。通常,DNA片段化后应进行末端修复,确保片段末端适合接头连接。

打断方法:选择合适的打断方法,如超声波打断、酶切打断或转座酶打断。转座酶法建库利用Tn5转座子将DNA片段化、末端修复、接头连接等多步反应转变为一步反应,大大缩短了建库时间。

 
 
03
接头连接与文库扩增
 

接头连接:确保接头连接的效率和准确性,避免非特异性连接。

文库扩增:通过PCR扩增文库时,注意控制PCR循环数,避免过度扩增引入偏差。

 
 
04
文库纯化与质量控制
 

纯化步骤:在文库构建过程中,进行多次纯化步骤,去除杂质和未结合的接头。

质量控制:使用Qubit定量、Agilent 2100 Bioanalyzer或Qsep等工具进行文库质量检测,确保文库的浓度、片段大小分布、纯度符合测序要求。

 
 
05
杂交捕获与洗脱
 

杂交条件:在杂交捕获过程中,严格控制杂交温度和时间,以减少非特异性结合。

洗杂步骤:洗杂步骤需要多次洗涤,逐步去除未结合的DNA和杂质,确保目标DNA的纯度。

 
 
06
试剂盒选择
 

选择合适的试剂盒:根据实验需求和样本类型,选择合适的NGS建库试剂盒,可适用于多种样本类型,并且具有高连接效率和良好的兼容性。

预混液与自动化:选择即用型预混液的试剂盒可以减少操作步骤,提高效率,同时适配自动化解决方案。

NGS建库实验中可能会遇到各种问题,但通过仔细检查实验步骤、优化操作条件和选择合适的试剂盒,可以有效解决这些问题。希望上述解决方案能帮助您顺利进行建库实验。

 
 
凡知医学推出多款NGS文库构建试剂盒,可以快速、高效构建NGS文库,兼容多种样本类型以及PCR-free工作流程,对低起始量的样本也具有很高的建库效率,保证测序工作的顺利和成功。下面为大家推荐几款高质量NGS建库试剂盒和浓度测定试剂盒,供您选择!

1.DNA建库试剂盒

DNA Library Preparation Kit

货号:FG4103

规格:24测试/盒
产品介绍:本产品和一般建库方法相比,操作简单、方便,极大地缩短了文库构建时间。另外,本试剂盒采用高保真DNA聚合酶进行文库富集,无偏好的PCR扩增,扩大了序列的覆盖区域,可高效制备用于Illumina二代测序平台的DNA文库。
产品应用:全基因组测序;全外显子或靶向捕获测序;扩增子测序;免疫共沉淀测序;宏基因组测序,适用于Novaseq/Hiseq x-ten/Hiseq 4000/Miseq等Illumina测序平台。
产品优势
● 满足低起始量:适用于100pg-1μg起始的DNA。

● 支持多种样本类型:常规动植物基因组、微生物基因组、FFPE、cfDNA、ChIP DNA 等样本。

 

2.mRNA建库试剂盒

mRNA Library Preparation Kit

货号:FG4102

规格:24测试/盒
产品介绍:本产品是针对高通量测序平台专门研发的用mRNA转录组文库构建试剂盒。利用磁珠分选的方式,可快速获得特定长度的文库,满足不同实验的个性化需求,用于Illumina平台的测序。
产品应用基因表达分析;单核苷酸变异分析;剪切变异体分析;基因融合鉴定。
产品优势
● 满足低起始量:适用于10ng-1μg的产物。

● 支持多种样本类型:包括动植物和真菌等真核生物的Total RNA。

 

3.FireQubit dsDNA高灵敏检测试剂盒

FireQubit dsDNA HS Assay Kit

货号:FG4101

规格:500 rxns
产品介绍:FireQubit dsDNA HS Assay Kit是一种简便快速、灵敏、准确度高的双链DNA(dsDNA) 荧光定量检测试剂盒。本试剂盒包含荧光检测试剂、标准品和缓冲液,对dsDNA有高度选择性,RNA干扰小,对于dsDNA样本在0.1-100ng之间有良好的线性关系,相比于传统的紫外检测(A260)方法,可更精确的对DNA进行定量,免除其它物质的干扰,可准确测定dsDNA浓度,提高实验的准确性。
本试剂盒操作简单,可使用荧光酶标仪或Qubit®仪器进行检测。针对酶标仪高通量检测模式,特别包含了5个点的标准品,能使定量结果更加准确。
产品应用:可以对浓度为100pg/µL-100ng/µL的dsDNA样品进行精确定量。
产品优势:

● 灵敏度高;● 特异性强;● 耐受性好;● 线性范围宽;● 操作简便,兼容性。

 
 
 
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2025年3月7日 17:51
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